明朝初年，北元兵锋经常南下与明朝沿边发生军事冲突，包括蒙古上层或明或暗的唆使和相约，再加上官府的欺压和官吏的贪婪，巴丹后裔满俊于1468年在固原起义，以石城为根据地与明朝官军抗衡。
大明朝的蒙古归化政策
早期14世纪后期，明朝在建立的过程中就大量吸收元朝留下的蒙古技术与军人队伍。明军使用蒙古人输入的回回砲攻克城池，穿戴着蒙古式甲胄去攻略四方。凡是愿意归降新朝的蒙古军户，也被朱元璋等明朝初代领导人所高看一眼。在内地，明朝效仿元朝的旧制度建立安置军户的卫所。同时，在每个卫所内都安排了投诚的蒙古士兵。
由于害怕他们因人数分散而被同化，甚至特别将其编组为独立的“达军”。这样，一直到燕王朱棣作乱的靖难之役，南方各地的明军还能凑出超过万人的大规模骑兵部队。后来，这些人迅速没落退化。明朝又将之后招降纳叛的蒙古人和中亚色目人安置于内地，从卫所军户到锦衣卫地方分支机构，可谓应有尽有。
在边境，明朝首先设立了多个蒙古人归化口岸。一方面作为抵御北元残余势力的堡垒，一方面也尽可能多的吸纳新一批蒙古人南下为自己当兵。而从朱元璋得天下的时代开始，就有成建制吸纳元朝地方部队的传统。一些在西北散领地内的蒙古部族，在城投后被直接授予了世袭官员身份。根据不同情况，给予不一样的优惠政策。既有分布在河西甘州的蒙古人卫所，也有宁夏固原的自治部落。尤其是后者，不仅可以继续在规定的区域内放牧，还因为承担军役而免于徭役。
在明朝当局看来，这已经是他们能够给予规划人的最高待遇。其部族的首领，实际上保留了全部的内在权威。实际权益等同于西南土司或边境外的内附部族。尽管没有哈密王那样的高阶册封，也足以为怀柔政策而感恩戴德。但凡事皆无绝对。被编户齐民郡县和军户卫所包围的小块牧区，实际上很难养活足够的部族人口。
尤其是固原本身所处的河套地区，自唐末开始就遭遇了持续性的环境恶化问题。而当地经济在更早之前就仰仗于来自中亚和草原的商队贸易。但明朝偏偏用众多卫所与关卡，阻挡了大部分以正规渠道进入内地的外国商人。这无疑是对内地蒙古保留区的严重经济打击。
结果，慢慢恢复人口的蒙古归化部族，就不可能靠在一亩三分地上放牧来维持生计。他们经常同周围的贫困郡县进行小型走私活动，或者冒充入关的蒙古人来打秋风。最后，甚至于吸纳逃离郡县的农民来为自己耕作、放牧。更有人期望有机会突破边境封锁，同蒙古高原的远亲们建立联系。固原的叛乱就是基于这种背景发生的。
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