南京保卫战与南京大屠杀在时间上前后承接，它的失败造成南京陷落，随后发生了惨绝人寰的南京大屠杀。国民政府对南京市民疏散不力，留下严重的平民安全隐患，对于南京的防守部署不力，造成军事撤退混乱，大批中国军人滞留城内。这些因素扩大了南京大屠杀中遇难者的规模。

其实，自1937年8月淞沪战争开始后，南京就成为日军空袭的重要目标，国民政府开展防空和抗战的宣传教育，各社会团体还开展了多种形式的抗日宣传和捐款活动。到12月13日南京沦陷前夕，城市基本还在有序运转。但实际上，国民政府应对战争的准备是有限的，特别是对南京城陷之后如何安置和保护市民并没有详细的计划。滞留在南京的市民也缺乏基本的自我保护和救助意识。造成这种状况与国民政府的宣传误导有很大关系。全面抗战爆发以后，蒋介石及国民政府表现出坚决抗战的高调姿态，并配合相关的举措和宣传，给民众留下了国民政府坚守南京的印象。例如，在上海失守的当日，《中央日报》发表社论《告京市民众》中称：对于南京地方，政府“已设立了南京卫戍司令长官，统帅文武机关及全市民众作守土自卫的打算。”此后，官方相继报道了蒋介石、唐生智等表示坚守南京抗战到底的言论。在坚守的表象之下，面对日军的步步紧逼，对于如何安置和保护在宁市民，国民政府却没有详细的计划。

在南京失陷前后，国民政府各机关大多忙于政府机关的迁移工作，对于南京城陷后的善后工作以及民众的安全问题并不关注。蒋介石固守南京的高调表态更使得南京市民不可能对战争状态有正确的估计，他们也不可能有相应的战败后物质与心理准备。南京失陷前后，大批难民拥入城中的国际安全区，而在此前国民政府对于国际安全区的支持不够，且安全区未得到日本的承认。因此，它们对于难民的安全保障和生活救助非常有限。

在侵华日军南京大屠杀中，数十万军民被日军屠杀，其中中国军人大概在7-9万人。而如此大规模的军队被俘虏、被屠杀，与南京保卫战的战略决策和指挥失误密切相关。一方面，国民政府集合重兵固守南京的决策失误是造成大批中国军人滞留南京的根本原因。南京居长江之南，日军对南京取分兵合围之势，国民政府在没有足够力量保证南京守军可以安全有序撤离的情况下，集合十余万的军队固守南京，这显然是军事策略上的重大失误。蒋介石明知南京不可守，却高调表态要死守南京，实际上是对参战部队做“遗弃性处置”。另一方面，作为南京卫戍司令的唐生智，对万一城陷之后如何有序地组织撤退等善后事宜，也考虑不周。他为了迎合蒋介石而提出了“誓与城市共存亡”的口号，在挹江门阻止军队退往长江边，并收缴渡江船只。按照唐生智的说法，此为：置之死地而后生。其结果：“死地”形成了，而“后生”则为泡影。加上军事决策与指挥体制的缺陷，于是导致了南京沦陷后，中国守军不能形成有效抵抗和有序撤退，直接造成了滞留城内的官兵陷入组织崩溃的境地，被俘官兵数以万计，并成为日军残忍屠杀的对象。

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