钱老首先想把上海工大和上海科大合在一起，他希望两校的干部、教师能理解他的想法。1987年5月，他在上海工大教学工作会议上为此解释说：“合并的好处是有利于发展新学科，互相帮助。我们两个学校是一工一理，理工分家不好，我们总想通过发展理科来充实我们工科的基础教研室，而理科学校也想发展工科，因为他们需要和实际联系，这样我们两个学校就走到一起了。我们两个一并，在上海是一个非常大的力量，可以充分发挥我们的力量。如果两校各自独立，要把两个学校都办好，很困难，都是缺腿缺胳膊的。我们有个希望，争取我们成为上海教学和科研方面的一个拳头，那么，我们两校的地位和素质就能进一步提高，贡献也将大大增加，使我们真正成为上海市所需要的学校。合并是正确的，是个大方向，让它走向综合性大学！”1988年，上海工大和上海科大共同组建成立了计算机学院。本来，两校合并的事情还在朝前发展，只是1989年突发政治风波，才未及深入。1991年重启两校合并事项，经协商，合并后的学校就叫“上海理工大学”（现在的上海理工大学前身是上海机械学院，1996年才改名为上海理工大学）。1993年5月，上海市教卫办希望促成这所“上海理工大学”和原上海大学、上海科技高等专科学校联合办学；当年12月，教卫办把四校联合办学的方案提交市领导审议时，市领导断然决定，这四所学校干脆实行“紧密型、化合型”合并。1994年4月25日，国家教委正式下文，批准新上海大学成立；5月19日，上海市政府任命钱老为上海大学校长；5月27日，即上海解放纪念日，在上海展览中心会堂举行上海大学成立大会。钱老在成立大会上发表了热情洋溢的讲话，他说：“实行合并，成立新的上海大学，也是我们四所学校的共同愿望。近年来，我们四校在各自改革和发展的进程中都取得了很大的成绩，但是由于历史的原因，我们大多数还是单科性院校，学科门类不够齐全，综合实力也不算一流，如果继续走老路，势必陷入‘小而全’、‘低水平’的恶性循环。只有通过多校联合，实行优势互补、资源共享，才能加快发展，提高水平，使学校的各项工作都上一个新的台阶。”他在讲话中强调：上海大学的办学宗旨就是要为上海服务，办学思路就是要不断深化改革，办学目标就是要把上海大学办成和世界上其他以城市命名的著名大学一样，无愧于以“上海”命名。
四校合并，百业待举。最初阻碍学校发展的最大障碍就是老校区过于分散，且每个校区的基础设施都很落后。必须尽快建好一个新校区，能够集中办学。为此，已届耄耋之年的钱老亲力而为，四处奔波，多方协商，三年后终于获得中共上海市委、市政府主要领导的支持。上大新校区工程于1997年7月立项，1998年破土动工，1999年9月完成一期工程、新校区正式启用，2001年新校区工程整体竣工。一个坐落于上海宝山区、占地1500亩（不含规划待征地）、校舍总面积42万平方米、总投资超过14亿元的崭新的现代化大学校园拔地而起，一时间引来万众瞩目，前来参观访问的各界群体或个人络绎不绝，来访者无一不为这里独具匠心的校园布局和充满人文气息的校园氛围拍手叫好，知情者更为钱老为建设新校区所付出的心血而对其敬爱有加。
那年，钱老得知上大新校区工程正式立项以后，兴奋异常，连夜绘制了一幅校园规划草图。不日，他亲自召集校长、书记会议，指着规划图详细讲解了他的设计思想。与会者看着这张画得清晰明了的图纸，听着他那略显急促的话语，无一不为老校长的这份执著、这份热情、这份缜密的思考而感动：这哪里只是一份草图？分明是他老人家心中一所现代化大学的蓝图，他要倾其心血在这块热土上绘制他的教育理想与希望。早在1997年4月上大新校区工程尚未正式立项时，钱老就曾亲笔手书“对新校区总体规划方案设计征集文件的修改意见”，手稿近1700字。1998年8月，新校区工程已经全面铺开，钱老再次亲笔手书“对新校区环境建设的一些设想”，全文近5千字，还绘制了7幅插图。规划草图加上前后两份手稿完整地表达了钱老关于上大新校区，尤其是主体建筑——院系综合楼的设计思想与具体要求。大到校园整体布局，小到楼宇走廊该多宽、男女生厕所如何比配……他一一提出具体意见，几乎每一条意见都附有详细的说明。一字一句，力透纸背，这位老人的缜密心思和对学生的人文关怀跃然字里行间。
1999年11月初，钱老陪同中共中央政治局常委、国务院副总理李岚清和教育部部长陈至立视察上大新校区。李岚清同志一进校区就连声赞叹“气势恢弘”！参观者们在校园内，自然想到的是钱老为缔造这个学府所付出的辛劳和智慧。视察结束后，领导和学校的干部、教师代表合影，李岚清同志朝着大家大声地说：我们要感谢钱校长为上大所做的贡献。陈至立同志说得更干脆：没有钱校长，就没有上大的今天。大师与大楼相得益彰焉！
