清军进军江南的过程中，烧杀抢掠，激起江南人民的强烈反抗，特别是剃发令强制执行，各地燃起抗清的熊熊烈火。清廷残酷镇压，在扬州、嘉定、江阴等地进行了大肆屠城，史称“扬州十日，嘉定三屠”。此后清军各地“剃发易服”，清军采取多次屠杀以镇压之，造成人口骤减，发生西南地区民生萧条、万里无人的景象，史称甲申国难。 1659年，清军占领西南地区。并迁移湖广人口填川，以补充劳动力的不足，视为历史上的第二次“湖广填四川”。清廷制定的圈地和投充政策使人民放弃土地，增加更多流民。为此又制定严禁奴仆逃亡的逃人法，激化京畿地区的民族矛盾。后来清廷下令停止这些政策，并实行奖励垦荒、减免捐税的政策。并且正式开科取士，追尊崇祯帝与明朝忠臣。 

延平王郑成功在1661年收复了当时为荷兰殖民地的台湾。永历帝被害后，郑成功之子郑经继续使用南明永历年号，礼待南明宁靖王朱术桂，但未再拥立明朝宗室称帝和监国。1683年，清朝攻克台湾，明郑结束，1684年设立台湾府。清军入关后历经20多年的战争，基本占领中国大陆。 

矫枉过正

康熙时期

1662年康熙帝即位，在位期间，对内平定了三藩之乱，平定台湾郑氏政权，设立台湾府，使中国重新归于统一。 

康熙帝采取了一系列有利于社会经济恢复和发展的措施。1669年，康熙下令废除圈地令，以后永远停止圈地，并规定所圈土地应退还给农民。从1671年起，陆续放宽垦荒起科年限，并规定垦荒有成绩，据开垦多少，给予不同官职，这促进了垦荒的积极性，到康熙末年，全国荒地基本上得到开辟。1685年，康熙又规定民间新垦田亩，“自后永不许圈”，从而在一定程度上限制了贵族旗主的经济扩张，有利于自耕农民。康熙还下令将明朝藩王的庄田改为“更名田”。 

1685年和1686年，他命令清军两次进攻盘踞雅克萨的俄军，遏制了沙俄侵略的野心；1689年，他派代表与沙俄代表签订了《尼布楚条约》，划定了中俄东部边界线；平定了回疆、准噶尔等贵族的叛乱。自康熙时期至十九世纪中期，中国在北起外兴安岭，南至南沙群岛的曾母暗沙，西起巴尔喀什湖和帕米尔高原，东抵鄂霍次克海、库页岛和台湾广大的领土内，实现巩固了全国的统一，加强了中央集权。 

康熙中期以后，因战乱而遭到严重破坏的手工业逐步得到恢复和发展。至乾隆年间，江宁、苏州、杭州、佛山、广州等地的丝织业都很发达。江南的棉织业、景德镇的瓷器都达到了历史高峰。至18世纪中叶，清朝人口也大大增加。 

雍正时期

1723年雍正帝登基。对外方面，雍正初年青海亲王罗卜藏丹津意图复兴和硕特汗国而乱，隔年年羹尧与岳钟琪等人平定。为此雍正帝占领部分西康地区，又在西宁与拉萨分置办事大臣与驻藏大臣以管理青藏地区。听从鄂尔泰建议推行改土归流，废除具自治性质的土司，以地方官管理少数民族。将喀尔喀蒙古并入清朝；于1727年与沙俄签订恰克图条约，确立塞北疆界。1729年听从张廷玉建议，以傅尔丹与岳钟琪兵分二路于科布多对抗准噶尔汗噶尔丹策零，最后于和通泊之战战败。1732年噶尔丹策零东征喀尔喀蒙古，兵至杭爱山，被喀尔喀亲王策棱击败。1734年清准和谈，以阿尔泰山为界，西北大致和平。 

另外，雍正帝对许多的事情做了重大的改革，特别是对一些制度方面做了些改革。雍正起了“康雍乾”三代承上启下的作用。  然而他所派遣的特务遍即天下以监控地方事务，还屡兴文字狱打压异己。 

盛世与没落

1735年雍正帝去世，其子弘历继位，即乾隆帝。乾隆帝执政期间，文治武功方面都有建树，为巩固中国统一的多民族国家，发展清朝鼎盛局面作出了重要贡献，但也是在他统治期间世界发生了翻天覆地的变化， 中国也逐步落后世界的浪潮。

1757年乾隆帝粉碎了准葛尔贵族割据势力，统一天山北路。1759年平定天山南路的大小和卓叛乱。1762年，清朝设伊犁将军，统管包括巴尔喀什湖在内的整个新疆地区。自从1762年起，清朝陆续派遣大批军队进驻新疆。永久驻军的官兵携带家眷，主要来自东北、河北等地的达斡尔族、满族等。这些驻军为保卫中国、开发边陲作出了贡献。 

《四库全书》从1772年开始，经十年编成，为清理和总结中国历史文化遗产作出了重大贡献，但很多珍贵材料丧失。乾隆帝酷爱汉文，勤于写诗，留下了约42613首各体诗作。由于清朝的文字狱，诗选的编选者不敢收录、评价当朝皇帝的诗，而原著（《御制诗集》）又卷帙浩繁，所以乾隆的诗没有流传开来，大部分是帝王体打油诗。然而为维护统治却严厉控制思想，编书期间藉机割裂焚毁大量不符其思想的书籍。此外大兴文字狱使如戴名世等人被株连杀害或者流放。这些都让文人思想受到严厉阻碍，迟滞文化的发展。 乾隆六下江南，并仿制江南园林广修园林，劳民伤财。