黄巾之乱

184年，太平道首领张角及兄弟张梁和张宝率信徒发起民变，史称黄巾之乱，迅速发展到数百万追随者，引起全国性的战乱 。汉灵帝派皇甫嵩、卢植及朱隽等率中央军压制 ，又令地方州郡政府和豪强地主招募军队协助。最后黄巾军的主力虽然很快被击溃，不过余部仍然散布各地。随着各地山贼土匪陆续出现，汉朝的中央军精疲力竭 。

188年汉灵帝采纳刘焉的建议  ，将负责监察各郡的刺史赋予兼有地方军政权力，以加强对各郡的控管，并且将部分刺史升为州牧，由刘姓宗室或重臣担任 。这一措施使得州正式成为一级行政区，虽有利于镇压各地叛乱，但当朝廷发生内乱后，掌握地方权力的州牧及刺史纷纷割据一方，不再受朝廷节制。例如益州牧刘焉割据巴蜀，借由五斗米道首领张鲁占领汉中 ，切断与朝廷的关系。东汉为解决黄巾之乱而制定的州牧制度，在朝廷不断衰弱下，反而开启群雄割据的局面。

188年汉灵帝驾崩，戚宦之争又起。宦官蹇硕等意图杀害外戚大将军何进，改立太子刘辩弟陈留王刘协 。汉少帝刘辩顺利继立后 ，何进又与袁绍等士大夫企图去除以张让为首的十常侍及其他宦官 。何进还令凉州董卓、并州丁原带兵增援。宦官们先发制人，在董卓军到达洛阳前杀死何进。而袁绍则以为何进报仇为名率军入宫，杀死十常侍等宦官二千人 。虽然困扰东汉上百年的外戚与宦官之争就此终结，却也方便了率军入都城的董卓顺势夺取朝政大权。

董卓乱政

董卓为了夺权，开始铲除反对者，手段残暴，引起了诸多不满。他促使吕布杀死掌管都城禁卫的丁原夺得军队，袁绍及曹操等原先掌握过兵权的将领纷纷逃离首都洛阳 。最后董卓废黜并杀死了汉少帝，改立刘协为帝，史称汉献帝，至此董卓完全掌握了朝廷 。

190年，东郡太守桥瑁诈称以京师三公之名向各地发檄文 ，陈述董卓的恶行，联络各地州牧、刺史及太守讨伐董卓，共有十一路地方军加入，群雄并起，共推袁绍为盟主，史称“关东军” 。董卓为了回避其锋芒，于是挟持汉献帝、强迁居民，迁都到长安，并火烧旧都洛阳 。其间，关东联军只有孙坚 、曹操真正出兵与董卓对战，但因持久力不足而退，而关东军也随之解散 。此后，群雄纷纷割据一方，互相攻击。董卓迁都后，自封为太师，继续掌控朝政。

192年董卓最后被司徒王允和部下吕布等合谋刺杀，其族人亦被屠灭殆尽。不久董卓属下李傕、郭汜等人率兵攻入长安，杀死王允，吕布兵败逃亡，李傕等人挟持汉献帝，专政四年 。其间凉州马腾与韩遂等也率军逼近长安。李傕派郭汜、樊稠及侄子李利于长平观击败马腾等人。195年，由于李傕与郭汜等人内部不和，发生内斗，分别挟持献帝与大臣，长安陷入一片战乱 。7月，汉献帝离开长安，开始东归洛阳 。李傕与郭汜等人又联合起来，追击献帝。而后汉献帝派人与李傕、郭汜讲和才停止追击。196年献帝辗转流亡，回到已成废墟的旧都洛阳，随后被曹操迎奉到许都， 以汉献帝胁迫其他诸侯，史称“挟天子以令诸侯”  。隔年，郭汜被自己的部将伍习杀死。198年，曹操派裴茂率领段煨等关中诸将讨伐李傕，李傕被诛杀，至此关中初定。

群雄割据

讨伐董卓之战结束后，各地方军阀对东汉中央政权已不加理会，转而发展各自的势力。原董卓部下张济因军中缺粮，途径荆州南阳掠夺，在攻打穰城时战死。其军队由侄子张绣继承后 ，反被荆州牧刘表安置在宛城，联手抵御曹操。孙坚在攻打刘表据有的襄阳时战死 ，其子孙策投奔袁术后向他借兵，带领孙坚旧部于196年到199年间在江东四处征战。最后孙策独领江东，与刘表对峙，并等待时机北上中原。197年袁术于寿春称帝，国号“成” ，最后被曹操及刘备攻灭。194年益州牧刘焉病死，其子刘璋接任 ，与汉中的张鲁决裂，两方对峙。马腾、韩遂等人则于凉州、雍州一带各自发展势力。公孙瓒击败刘虞后雄踞幽州，最后被袁绍灭亡。东迁的吕布先是夺取曹操的兖州，被击败后先附刘备，接着夺其领地徐州，最后被曹操于下邳抓获处死。刘备继任病故的陶谦成为徐州牧，但先后因吕布及曹操而失去徐州，不得不依附河北袁绍，后又逃到汝南试图建立势力 。

此时期各势力中成绩最突出的是袁绍与曹操，袁绍先用计占据韩馥的冀州，继而打败田楷、臧洪、公孙瓒等人，掌握青、冀、幽、并四州，雄霸河北，气势强劲。曹操四处征战，收编黄巾军余部男女老少约十万人，择其精锐组成了著名的“青州军” ，几经转折，控制了兖州。曹操奉立东逃的献帝于许昌后，借由朝廷名义来讨伐各地群雄 ；先后破袁术、灭吕布、降张绣、逐刘备。势力发展成兖、豫、徐三州、部分司隶、雍州等中原地区。由于袁曹双方的势力持续壮大，最后发生了决战。公元200年曹操通过官渡之战大败袁绍，又通过几年时间，消灭了袁绍三个儿子袁谭、袁熙、袁尚的势力 。通过北征乌丸以及平定辽东公孙康，曹操基本上统一了北方。