他继承和发展老子“道法自然”的观点，认为“道”是无限的、“自本子根”、“无所不在”的，强调事物的自生自化，否认有神的主宰。提出“通天下一气耳”和“人之生气之聚也，聚则为生，散则为死。”他的思想包含着朴素辨证法因素。他认为“道”是“先天生地”的，从“道未始封”（即“道”是无界限差别的）。他看到一切事物都处在“无动而不变，无时而不移”中，却忽视了事物质的稳定性和差别性，认为“天下莫大于秋毫之末，而泰山为小；莫寿乎殇子，而彭祖为夭”。
他认为，天人之间、物我之间、生死之间以至万物，只存在着无条件的同一，即绝对的“齐”；主张齐物我、齐是非、齐生死、齐贵贱，幻想一种“天地与我并生，万物与我为一”的主观精神境界，安时处顺，逍遥自得，而学“道”的最后归宿，也唯有泯除一切差异，从“有待”进入“无待”。在思辩方法上，把相对主义绝对化，转向神秘的诡辩主义。
庄子"著书十余万言，大抵率寓言也"，现存的《庄子》有三十三篇，其中内篇七，外篇十五，杂篇十一，文字雄美，想象丰富，跌宕起伏，妙趣横生，善于通过寓言故事来说理。《庄子》一书不但反映了庄周的哲学思想，而且显示了他卓越的文学才华。
处世哲学
庄子认为人活在世上须旷达处之泰然，如“游于羿之彀（gòu）中，中央者，中地也；然而不中者，命也”（《内篇·德充符》），羿,“古之善射者，夫利害相攻则天下皆羿也”，彀指利害得失，“故免乎弓矢之害者，自以为巧，欣然多己，及至不免，则自恨其谬而志伤神辱，斯未能达命之情者也”，中与不中而“知不可奈何而安之若命，唯有德者能之”（《内篇·德充符》）。对于君主的残暴，庄子是一再强调的，“回闻卫君，其年壮，其行独；轻用其国，而不见其过；轻用民死，死者以国量乎泽若蕉，民其无如矣。”。所以庄子不愿去做官，因为他认为伴君如伴虎，只能“顺”。“汝不知夫养虎者乎！不敢以生物与之，为其杀之之怒也；不敢以全物与之，为其决之之怒；时其饥饱，达其怒心。虎之与人异类而媚养己者，顺也；故其杀者，逆也。还要防止马屁拍到马脚上，“夫爱马者，以筐盛矢，以蜄盛溺。适有蚊虻仆缘，而拊之不时，则缺衔毁首碎胸。”伴君之难，可见一斑。庄子认为人生应该追求自由。
《庄子·养生主》：“吾生也有涯，而知也无涯，以有涯随无涯，殆（危险）已！”从而他主张“保身全生”。
政治思想
庄子和儒墨有一点很大的不同，儒家墨家推崇圣人，而道家则反对推崇圣贤。老子说：“不尚贤，使民不争。不贵难得之货，使民不为盗。”，“绝圣弃智，民利百倍；绝仁弃义，民复孝慈；绝巧弃利，盗贼无有。“《庄子·胠箧》：“世俗之所谓智者，有不为大盗积者乎？所谓圣者，有不为大盗守者乎？何以知其然邪？……田成子一旦杀齐君而盗其国，所盗者岂独其国邪？并与其圣知之法而盗之。故田成子有乎盗贼之名，而身尧舜之安，小国不敢非，大国不敢诛，专有齐国。则是不乃盗齐国，并与其圣知之法以守其盗贼之身乎？”“圣人生而大盗起”。“圣人已死，则大盗不起，天下平而无故矣。”“窃钩者诛，窃国者为诸侯，诸侯之门而仁义存焉”。“绝圣弃知，大盗乃止。擿玉毁珠，小盗不起；焚符破玺，而民朴鄙。掊斗折衡，而民不争”。搞乱六律，销毁竽、瑟，塞住瞽旷的耳朵，天下人才内敛其聪慧；消灭文饰，拆散五采，粘住离朱的眼睛，天下的人才内藏他的明敏。毁坏钩绳，抛弃规矩，折断工倕的手指，天下人才隐匿他的技巧。铲除曾参、史鱼的行为，封住杨朱、墨翟的口舌，排斥仁义，天下人的德性才能达到玄同齐一的境地。人人的明慧、聪敏、知巧、德性，都内含而不炫耀于世，天下就不会迷乱、邪僻了。
庄子反对“人为”，理想的社会是所谓“至德之世”。《庄子·应帝王》：“南海之帝为儵，北海之帝为忽，中央之帝为浑沌。儵与忽谋报浑沌之德，曰：‘人皆有七窍以视听食息。此独无，尝试凿之，’日凿一窍，七日而浑沌死。”这是主张自然，反对人为的寓言。
另外，庄子反对儒家的等级观念，儒家说“君君臣臣父父子子”，庄子认为“道通为一”，认为道在万物，万物平等。
文学思想
庄子主张“天人合一”和“清静无为”。他的学说涵盖着当时社会生活的方方面面，但精神还是皈依于老子的哲学。庄子曾做过漆园吏，生活贫穷困顿，却鄙弃荣华富贵、权势名利，力图在乱世保持独立的人格，追求逍遥无恃的精神自由。对于庄子在中国文学史和思想史上的重要贡献，封建帝王尤为重视，在唐开元二十五年庄子被诏号为“南华真人”。《庄子》一书也被称为《南华真经》。其文章具有浓厚的浪漫色彩，对后世文学有深远影响。
