大殿左右两旁有六侯塑像。据说这六个人都是为南海神治理海上风云而各自立下大功的，因此在“多神教”的道教寺庙中争得立足之地。他们分别是达奚司空为助利侯、杜公司空为助惠侯、巡海曹将军为济应侯、巡海提点使为顺应侯、王子一郎为辅灵侯、王子二郎为赞宁侯。
大殿东侧还有一面著名的东汉大铜鼓和一个明代的铁钟。铜鼓直径138厘米，高71．4厘米，厚0．4至0．6厘米，是一件极为珍贵的文物，仅次于广西、上海的大铜鼓，在中国现存大铜鼓中排位是第三。它是东汉时期铸造，鼓面正中太阳芒纹，鼓边原镶有6只铜蛙，不知怎的现已失散殆尽。其鼓身有圆形的方孔钱纹和云纹。大铜鼓是古越族人祭祀的重要礼器，代表着权力和地位。这面铜鼓除在神诞庆典中使用之外，据说它还有镇妖、定海的作用。
祝融像的背后有一块照壁，浩荡的海水上有一条龙腾云驾雾，两边有对联：“顺水千舟朝洪圣；伏波万里显真龙。”
昭灵宫
第五进叫昭灵宫，也叫做后殿，是南海神夫人的寝宫。南海神夫人在宋朝时期被封为“明顺夫人”。据说她原来是顺德的一个养蚕女子，后化为神，许配给了南海神。她除了具有与南海神一样的法力外，还有“送嗣”的职能，是妇女、儿童的保护神。
浴日亭
在南海神庙西侧，有一座小山丘，古时叫做章丘。这大约10多米高的山上有一座小亭。唐宋时这里是三面环水，“前临大海，茫然无际”，人立亭中，当然是观赏海景、对大海抒怀的最佳位置。
据有关史书记载，古代这山岗的阶梯共108级，但如今仅余72级岗阶了。这里东连狮子洋，烟波浩渺，夜幕渐退，红霞初现，万顷碧波顿时染上一层金光，一轮红日从海上冉冉升起之际，有一半仍沉在大海之中，吞吞吐吐，此景象壮观极了——这就是历史上宋元羊城八景之一的“扶胥浴日”。难怪当时有众多的文人墨客游完南海神庙，喜欢黄昏泛舟于此，第二天拂晓时分才登上古亭观日出呢！
北宋绍圣初年（1094年），大文豪苏东坡被贬至岭南途中，在广州停留，慕名拜祭南海神。他登上浴日亭，惊叹这大海的壮阔，太阳的辉煌，天地的浩茫，庙宇的古朴，便感怀身世地写下了“南海浴日亭”一诗：“剑气峥嵘夜插天，瑞光明灭到黄湾。坐看旸谷浮金晕，遥想钱塘涌雪山。正觉苍凉苏病骨，更烦沆瀣洗衰颜。忽惊鸟动行人起，飞上千峰紫翠间。”
诗因亭作，亭也因诗威。有好事者将苏东坡所吟之诗刻到石碑上以作留念。碑立亭中，亭也因而叫做浴日亭。后名声渐渐远播，更有许多文人墨客慕名而来观赏“海中浴日（因神庙古时叫波罗庙，故又叫为“波罗浴日”），亦留下不少与苏东坡应和的诗句。其中最著名的是明人陈献章的《浴日亭和苏东坡韵》一诗。诗是这样写的：“残月无光水拍天，渔舟数点到湾前。赤腾空洞昨霄日，翠展苍茫何处山。顾影末须悲鹤发，负暄可以献龙颜。谁能手抱阳和去，散入千岩万壑间。”
后人同样也将陈献章的诗凿刻立碑。现两诗碑并存亭内。
南海神庙像是一位历史老人，亲眼见证西汉以来海上丝绸之路发源于广州的历史，神庙真不愧是广州对外交通和对外贸易繁荣的一个缩影。它集我国的宗教、古建筑、书法、雕刻、诸种文学艺术于一体，具有较高的历史价值与旅游价值。
广州市政府已制定了南海神庙开发的总体规划，即将实施。整个规划占地44万平方米，将恢复“古扶胥一条街”，在“海不扬波”石牌坊前，恢复古码头与海景，并开辟水道通珠江。还将筹建“南海海上丝绸之路博物馆”。建成后，游人可在此遨游极其壮观的海上丝绸之路的风情胜景，发思古之幽情。
古扶胥运河
中国的京杭大运河和连接汀江与珠江的灵渠已早为人知，然而在南粤之滨，扶胥之江有条古运河，知道的人恐怕就不多了。
古时候，珠江水面辽阔，浩似大海，故广州人往往称轮渡过江为过海，又称江边长堤为海皮（边）。而位于广州东面南海 神庙前的珠江口，更被称为大海了。这里海面风浪较大，如果遇着恶劣天气，更是白浪排空，汹涛浪涌，情景吓人。来往于东江与珠江的小船，只有风平浪静的日子才能平安无事。
三国杀为了解决小船不经珠江口水域便可来往于东江和珠江之间，唐代时，有人在神庙不远的地方，即黄埔发电厂东侧开凿了一条古扶胥运河。运河宽10丈多，经志成围、穗东联围到东江横沥出东江，全程10多公里长。古扶胥运河把黄木湾与东江连接起来，缩短了珠江到东江的航程，百吨以下的小船可以全天候来往于两江之间，而不再受珠江风浪之苦了。运河开凿后，大船小船都喜欢选择这一航道。因此，运河河道热闹非凡，长年不衰。运河功能一直延续至今，它也是广州海上丝绸之路的一段美好的插曲。
