二十一年，王继光会兵进剿，抵达娄山关。杨应龙诈降，暗地遣兵据关冲杀，官军大败且死伤过半，王继光被革职。二十三年，兵部侍郎邢玠命重庆知府王士请令杨应龙至秦江听勘。杨应龙态度诚恳，似有悔过之心，他缚献手下黄元等12人抵斩，并请纳银四万两助采木赎罪。朝廷允准，以子杨朝栋代其职、次子杨可栋留在重庆作人质。

虽然受到宽大处理，让杨应龙松了一口气，但对播州五司七姓的背叛和明廷官员的打压，还是心中窝火。不久，重庆方面传来杨可栋病死狱中的消息，这使他憋在心中的怒火全面爆发。他感到自己先前做了那么多的让步，以图息事宁人，儿子却冤死狱中。这种怒火使他失去了冷静的判断能力，开始对川渝两省和播州大姓中的仇家进行报复。他首先停止缴纳原先认定的罚金，召集僧、道千人，为死去的儿子招魂;他没收播州大姓富人的资产作为军费，招募和供养山地土著丁壮作为士兵，以增强播州的军事力量;他还分遣头目带兵把守播州周边的关隘险阻，严禁行人出入播州，断绝了播州与周边的联系。

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