1751年11月14日-1753年2月24日期间，奉旨接替陈大受担任两广总督。全名为“总督两广等处地方提督军务、粮饷兼巡抚事”的该官职，是兼辖广西地区的两广地区之最高统治者，亦为清朝封疆大吏之一。

乾隆二十三年(1758年)，任参赞大臣，与将军富德攻讨霍集占，解除将军兆惠之围。乾隆二十八年，加太子太保。乾隆二十九年，授户部尚书、协办大学士。

乾隆三十一年二月，明瑞战死缅甸猛腊，是年二月，朝廷以大学士富察·傅恒为经略，授阿里衮及阿桂为副将军，领兵参加清缅战争，途中得疫疾，傅恒令他留永昌治疾，阿里衮不肯，乾隆三十四年十二月，卒于军中。

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