但在尼雅遗址中，没有断戟残剑沉埋沙中，所有出土的古尸都平静而安详，所有的房屋遗址都是完整的。如果说尼雅毁于战火，这些又如何解释?
有人说，是由于环境的急剧恶化。理由是，125号佉卢文书提到精绝需要更多的水。368号佉卢文书已提及河渠已没有水，国王亲自出面干涉水的分配。特别是482号佉卢文书上记载着国王的一道命令：“活树严禁砍伐，违者罚马一匹;哪怕只砍了树的枝杈，也要罚母牛一头。”这也许是世界上最早的“森林法”，试想，如果不是生态恶化，用得着下达如此严厉的命令吗?
与此相矛盾的是，尼雅遗址不少住宅周围都有巨树环绕，有大片的果园、葡萄园以及老桑树。而且，这里还有树荫俯照的水池、绵延数里的人工水渠遗迹，说明作为尼雅城水源地的尼雅河，起码是塔克拉玛干沙漠地区的一条中型河流。
排除了经济衰落、外敌入侵、环境恶化，那么，尼雅的突然消失究竟是因为什么呢?一种可怕的预感突然跳进了我的脑海：难道，是一场瘟疫?
和我预感相同的还有很多历史学家，他们也猜测，导致尼雅消失的罪魁极有可能是一场瘟疫，如鼠疫、斑疹伤寒等。理由是，在尼雅遗址的民居中，发现了大量的捕鼠夹、鼠尸、鼠粪。
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