由于时代和阶级的局限性，养廉银制度也存在许多弱点。养廉银作为政府给予各级官员的生活补贴，并没有从国家的正项收入中支出，而是用非法征收的耗羡银两来支付，实际上是对“私征加派”的承认，是政府对官吏贪污行为的妥协。这种妥协的结果导致“耗羡归公必成正项，势将耗羡之外又增耗”成了现实，成了养廉银制度最后失败的祸根。

其养廉银制度内容的不完善表现在府县官员的养廉银额数太低，尤其是不入品级的吏胥差役未定给养廉银，于是，他们照旧横行乡里，鱼肉百姓。另外和俸禄一样，养廉银定制以后，永无变化，并没有随经济的发展、物价的提高而增加，给官吏的生活造成一定的困难。和其他制度一样，养廉银制度的推行也带有强烈的个人色彩，随着最高统治者的更迭，往往使其流于形式。雍正帝去世后，乾隆虽然表面上继续遵循这一制度，但实际上并不像其父那样勤于政事，严于吏治，对官员侵贪的防范有所放松，虽然严办了不少贪官，但还是没能扼制住侵贪愈众的势头，最终出现了如同和坤那样的大贪污犯。

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