都护安西

神龙二年(706年)，郭元振改任左骁卫将军、检校安西大都护。后来，突骑施首领乌质勒部落强盛，表示愿意与唐朝通和，郭元振便到突骑施牙帐商议军事事宜。当时，天降大雪，郭元振立于帐外，与乌质勒会谈。大雪愈积愈厚，郭元振足不移地，而乌质勒因年老体弱，不耐严寒，会谈结束后竟被冻死。乌质勒的儿子娑葛认为是郭元振设计害死父亲，打算率兵袭击唐军。副使御史中丞解琬闻讯，劝郭元振连夜逃走。郭元振道：“我以诚心对待他们，又有什么可以怀疑和害怕的呢!再说我们都在他们的势力范围之内，就算是想逃走，又能逃到哪里去呢?”

次日，郭元振身穿素服前往吊唁，半路上遇到娑葛的士兵。敌军没料到郭元振会来，也不敢轻举妄动，忙说是来迎接他的。郭元振走进帐中，吊唁赠礼，哭得非常悲伤，并留下帮助料理丧事。娑葛被郭元振的诚意打动，向唐朝派去使者，进献良马五千、骆驼二百、牛羊十余万。不久，朝廷任命郭元振为金山道行军大总管。

景龙二年(708年)，娑葛与阿史那阙啜忠节不和，多次发生冲突。阙啜忠节由于兵少将微，逐渐不敌。郭元振遂奏请将阙啜忠节召入京师宿卫，将其部落迁徙到瓜州(今甘肃安西东南锁阳城)、沙州(今甘肃敦煌西)一带。阙啜忠节率部东撤，在播仙城(今新疆且末西南)与唐朝西域经略使、右威卫将军周以悌相遇。周以悌劝他不要入朝，贿赂宰相宗楚客、纪处讷，联合安西军与吐蕃军共击娑葛，并求册阿史那献为可汗，以招抚突厥十姓人马，这样既能报娑葛相欺之仇，又可以保住对部落的控制，胜于入朝受制于人。阙啜忠节深以为然，便率军攻陷于阗坎城，并遣使厚贿宗楚客、纪处讷。

郭元振听到这个消息后，当即上疏，极力劝阻，并认真分析了当前的形势，指出如果将吐蕃引入西域，会引发安西四镇的危机，同时认为阙啜忠节所求立的阿史那献同阿史那元庆、阿史那斛瑟罗一样，都无过人之才。但是，朝廷没有接受他的建议。

不久，朝廷派御史中丞冯嘉宾持节安抚阙啜忠节，侍御史吕守素处理四镇事务，任命牛师奖为安西副都护，统领甘州、凉州兵马，联合吐蕃一起进击娑葛。娑葛的使者娑腊此时正在长安，闻讯后立即赶回，通报娑葛。娑葛大怒，发动四路兵马，分别攻打安西、拨换(今新疆阿克苏)、焉耆、疏勒。

由于娑葛兵势甚盛，郭元振屯兵疏勒，设栅于疏勒赤河(今克孜勒河)河口，不敢出击。娑葛趁阙啜忠节迎接冯嘉宾时，派兵偷袭，生擒阙啜忠节，杀死冯嘉宾。不久，吕守素、牛师奖先后遇害。娑葛乘胜攻陷安西，断绝四镇之路。

宗楚客又奏请以周以悌为安西大都护，征召郭元振入朝，并册封阿史那献为西突厥十姓可汗，派军进驻焉耆，讨伐娑葛。娑葛写信给郭元振道：“我与汉人本来没有矛盾，只是与阙啜忠节有仇。但是宗尚书接受阙啜忠节的贿赂，毫无道理地想发兵攻破我的部落，并且冯中丞和牛都护相继率军而来，我又岂能坐以待毙!我听说阿史那献也将来到此地，他的到来只会使安西四镇冲突增多，恐怕今后难以有安宁的日子好过。请您看着怎么解决吧。”

郭元振便将娑葛的信呈给唐中宗。宗楚客大怒，奏称郭元振有不臣之心，征他入朝，准备治罪。郭元振派儿子郭鸿走小路将实际情况向唐中宗一一奏明，请求留在西域稳定局势，不敢返回朝中。不久，周以悌被流放白州(今广西博白)，唐中宗再次任命郭元振为安西大都护，下诏赦免娑葛的罪行，并册立为十四姓可汗。

担任宰相

景云元年(710年)，宗楚客等人在政变中被杀，唐睿宗继位，郭元振被征拜为太仆卿，加银青光禄大夫。郭元振离任时，安西各部落的酋长有的甚至划破脸面、痛哭相送。刚刚行到玉门关，离凉州还有八百里时，凉州百姓就已经准备好壶浆欢迎。

景云二年(711年)，郭元振被任命为同中书门下三品，接替宋璟出任吏部尚书。不久，郭元振又改任兵部尚书，封馆陶县男。同年冬，郭元振与韦安石、张说被罢去相位。

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