崇祯十七年(1644年)初，多尔衮利用吴三桂所处的危急局面，逼迫吴三桂放弃联清击李的政策而彻底投降清朝。之后，吴三桂在山海关大战中大败李自成，封平西王。顺治十六年(1659年)，吴三桂攻下云南。攻下云南后，即委其开藩设府，镇守云南。此时，权力和声势都达到顶点的时候的吴三桂与清朝中央政府的矛盾开始激化起来。康熙皇帝登基后，清廷先后收缴了吴三桂的平西大将军印信，剥夺了他的人事任免权和司法特权，下令两省督抚听命于中央。吴三桂则以“构衅苗蛮，借事用兵”，扩军索饷相报复。吴三桂和清政府之间的矛盾更加尖锐了。
康熙十二年(1873年)春，康熙力排众议，决定撤藩，这彻底触犯了平西王吴三桂等人的利益底线。十一月，吴三桂诛杀云南巡抚朱国治，自称天下都招讨兵马大元帅，提出“兴明讨虏”，起兵造反。由于吴三桂专制滇中十四年，在反叛之初，叛军乘锐连下贵州全省、湖南的衡州。福建靖南王、广东平南王二藩和吴三桂在各地的党羽如四川之郑蛟麟、谭弘、吴之茂，广西之罗森、 孙延龄，陕西之王辅臣，河北之蔡禄等也先后揭起叛旗，纷纷响应。一时之间，形势对吴三桂非常有利。
令康熙没想到的是，此时的八旗子弟兵却“观望逗留，不思振旅遄进，竟尔营私适己希图便安，或诿兵甲之不全，或托舟楫之未具，借端引日，坐失时机……不知怎样应对?”《清通鉴》记载有康熙在永兴之战失利以后“忧心忡忡，现于词色”。
战事的转机出现在康熙十五年(1676年)，这年五月王辅臣败降平凉，形势向有利于清军发展。随后，因郑经部争据福建漳、泉、兴、汀等地，耿精忠腹背受敌，仓促撤兵请降。尚之信也相继投降。孙延龄又被吴世璠杀于桂林。康熙十七年(1678年)，孤立无援的吴三桂积郁而死。之后，吴三桂的孙子吴世璠苦苦支撑了三年，终于康熙二十年(1681年)十月势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。
三藩之乱这八年，吴三桂差不多打下了长江以南的半壁江山，这其间，双方进行过六次殊死决战，吴军四胜，清军二胜，吴是占上风的。而且吴的总兵力为清军的两倍，无论数量和质量上，康熙都不是吴的对手。因此，如果不是吴三桂病死，战争未必很快结束。吴三桂拖垮康熙的可能性说不定也有。
正因为此，康熙对吴三桂可谓恨之入骨。二十一年(1682年)，正月十九，康熙谕令，将已死去四年的吴三桂骸骨分发各省。这种发泄仇恨的奇特做法，堪称首创。
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