所谓巫蛊事变，即汉武帝末年，年老多疑，适有周围一些心怀奸恶之人，乘机制造事端，挑拨他与太子、大臣之间的关系。当时，一些胡人的巫婆作俑，诅咒他死亡。此事被汉武帝发觉，在朝廷内外大加搜索，受牵连的人很多。专门主持处理此事的是素与太子不和的江充，他得到汉武帝的命令，便有意在卫皇后和太子刘据居住的地方掘地搜索，挖出一具桐木人，即把巫蛊之事加在了太子头上。
当时，汉武帝深居简出，居住在甘泉宫，外间人怀疑他是否还在人世。太子刘据惟恐不得自明，就请教他的师傅，他师傅让他先杀掉江充。同时，刘据也征得母后同意，遂矫诏起兵，与江充等人在长安城中展开激战，终于杀死了江充。然而，他起兵后，因长安城中盛传太子与卫皇后起兵造反而失去人心，护北军使者任安接受了太子的符节却没有出兵，汉武帝派去了解情况的使臣不敢入京，慌报太子造反，武帝派丞相刘屈牦讨伐，太子兵败后逃到湖县后自缢而死。卫皇后因不能自明也自尽身亡。后代史学界对戾太子刘据都持同情态度，否认他与卫皇后与巫蛊之祸有关。武帝晚年也深有悔意。
卫子夫由歌女、夫人而成皇后，除了她的容颜美色之外，还因为她有太子刘据做为她的支柱。太子自缢，亦使她的政治生命结束。事实证明，她尽管希望太子早日登基，但并没有存心诅咒汉武帝早死。在她为皇后的38年中，是比较安分守己的。所以汉武帝死后，她的名誉还是得到了恢复。
另外，应该指出的是，子夫的入宫，使她的弟弟卫青，外甥霍去病得到了施展才能的机会，从而为西汉在反击匈奴的战争中赢得了主动地位。从客观上讲，子夫对汉朝是有功劳的。固然，汉武帝对卫氏一门的宠幸有过份之处，但总的来说，卫氏一门对汉朝的巩固是做出过贡献的。
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