尼泊尔即平，福康安回师西藏，整顿西藏事务。福康安用《钦定藏内善后章程二十九条》实现了中国对西藏法定主权，提高驻藏大臣的权力;在西藏驻军;中央参与决定西藏地方官吏任命;喇嘛出藏要经中央政府同意等。同时，达赖班禅等宗教领袖去世后，其灵童需要经中央批准才能行使权力，即金瓶掣签制度也得以确立。力主在西藏铸造银币，使外国货币无所居奇，维护了国家的经济独立和货币统一。

　　42岁，领兵伐黔湘地区的苗民暴动。初战告捷，就在成功指日可待的时候，由于长途跋涉和紧张作战，福康安不服水土染瘴卧病，但仍继续督战，卒于军中。

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