被处决
1926年4月奉天军入京，邵飘萍未听鹿钟麟三次敦促，留在北京，后躲入东交民巷六国饭店避难。后听信旧交《大陆报》社长张翰举谎言，于4月24日下午回到报馆，一小时后即被捕，侦缉队声称搜出了冯玉祥聘请邵飘萍为军事顾问的聘书、军事电报密码一本、以及他与冯玉祥的合影等，作为邵飘萍犯罪的物证。
张学良对报界的代表表示：“逮捕飘萍一事，老帅与子玉(“子玉”即吴佩孚，“老帅”即张作霖)及各将领早已有此种决定，并一经捕到，即时就地枪决。此时飘萍是否尚在人世，且不可知。余与飘萍私交亦不浅，时有函札往来。惟此次……碍难挽回。而事又经各方决定，余一人亦难做主”，“飘萍虽死，已可扬名，诸君何必如此，强我所难”，“此事实无挽回余地”。
4月26日凌晨四时邵飘萍被押往天桥二道坛门刑场枪决。在北京政府总执法处张贴的布告中，宣布其罪名如下：“京报社长邵振青，勾结赤俄，宣传赤化，罪大恶极，实无可恕，着即执行枪决，以昭炯戒，此令。”
京剧艺人马连良等友人在邵飘萍死后筹办治丧，后遭受威胁，草草安葬于广安门外天宁寺旁荒地。年幼的子女为免受害，亦未能参加丧礼。
邵飘萍死后，《京报》一度停刊，后又恢复出版，他的夫人汤修慧继承。
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